Existem as seguintes limitações do sistema de arquivos FAT32 em sistemas operacionais Windows:
- Os clusters não podem ter 64 KB (kilobytes) ou mais. Se os clusters tivessem 64 KB ou mais, alguns programas (como programas de Instalação) podem calcular o espaço em disco incorretamente.
- Um volume precisa conter pelo menos 65.527 clusters para usar o sistema de arquivos FAT32. É impossível aumentar o tamanho do cluster em um volume usando o sistema de arquivos FAT32 para que fique com menos de 65.527 clusters.
- O número máximo possível de clusters em um volume usando o sistema de arquivos FAT32 é 268.435.445. Com um máximo de 32 KB por cluster com espaço para FAT (file allocation table), isso resulta num espaço máximo em disco de aproximadamente 8 TB (terabytes).
- A ferramenta ScanDisk, inclusa no Microsoft Windows 95 e no Microsoft Windows 98 é um programa de 16 bits. Tais programas têm um tamanho de alocação máximo de bloqueio de memória de 16 MB menos 64 KB. Portanto, a ferramenta ScanDisk do Windows 95 ou do Windows 98 não consegue processar volumes usando o sistema de arquivos FAT32 que têm uma FAT maior que 16 MB menos 64 KB de tamanho. Uma entrada de FAT em um volume que usa o sistema de arquivos FAT32 usa 4 bytes, então o ScanDisk não consegue processar a FAT em um volume que use o sistema de arquivos FAT32 que defina mais de 4.177.920 clusters (incluindo os dois clusters reservados). Incluindo as próprias FATs, isso funciona, no máximo de 32 KB por cluster, para um volume com tamanho de 127,53 GB (gigabytes).
- É imposssível diminuir o tamanho do cluster em um volume que use o sistema de arquivos FAT32 para que a FAT fique maior que 16 MB menos 64 KB em tamanho.
- É impossível formatar um volume maior que 32 GB usando o sistema de arquivos FAT32 no Windows 2000. O driver de FastFAT do Windows 2000 pode montar e oferecer suporte a volumes maiores de 32 GB que usem o sistema de arquivos FAT32 (sujeito a outros limites), mas é impossível criar um usando a ferramenta Formatar. Esse comportamento é próprio do projeto. Se precisar criar um volume maior do que 32 GB, use o sistema de arquivos NTFS.
Gerenciador de discos lógicos: O tamanho do volume é muito grande.